ITとかCockatielとか

技術のこととか。飼鳥(オカメインコ)のこととか。気になったこととか。基本的には備忘録。

ゲノム解析の基礎

NGSとは

  • NGS(Next Generation Sequencing:次世代シーケンス)。前身としてサンガーシーケンシングがある。
  • サンガーシーケンシングのころはゲノム解読に大きなコスト、長い期間を要していた。
  • 2007年にNGSが登場し、コスト、期間ともに大幅に削減された。
  • 具体的には、2003年には30億ドルのコストがかかっていたものが、2014年には1000ドルまで削減されている。
  • NGSの特徴
    • サンガーシケンサーの課題を克服した。(従来手法からの進化)
    • 1回で多数のリードを解読できる。(大規模)
    • 1000ドルでヒトゲノムを解読できる。(低コスト)
  • 多くの機種が開発されている。

NGSでできること

  • 変異の探索
  • 病気の原因遺伝子の特定
  • 個人の多様性を検出(Whole Genome-seq、Exome-seq)
  • 網羅的転写解析(Micro Arrayのような)
  • 新規転写産物の検出(RNA seq)
  • ヒストン修飾状態
  • タンパク質結合部位の同定(ChIP-seq)
  • 網羅的CpGのメチル化状態の解析(Bisulfite-seq)

vs コロナウイルス

NGSによるコロナウイルス解析がある。
コロナウイルスの全ゲノムシーケンスを迅速に行い、変異を検出し、変異株の付加的情報を調べたい、といったニーズがある。

次世代シーケンス(NGS)を使用したコロナウイルス解析ソリューション | Thermo Fisher Scientific - JP

用語

次世代シーケンス用語集 | NGS用語集

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